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Com o fim do período imperial brasileiro e a proclamação da República, em 1889, a estrutura judiciária brasileira ganhou novas características. A Constituição de 24 de fevereiro de 1891 extinguiu os tribunais da relação nas províncias e criou os tribunais de justiça nos Estados. Estes tribunais tornaram-se a cúpula da Justiça comum estadual, mesmo que a Constituição de 1891 não tenha determinado regras para o funcionamento da justiça estadual.
Assim, a estrutura essencial do Poder Judiciário do Estado de Santa Catarina foi esboçada na Constituição do Estado de Santa Catarina de 11 de junho de 1891. Por meio dessa constituição organizaram-se as funções judiciais que deveriam ser desempenhadas pelo Superior Tribunal de Santa Catarina, cuja sede seria a capital do Estado, pelos juízes de comarca, pelo júri e pelos juízes distritais.
O Superior Tribunal de Justiça de Santa Catarina , representando a segunda instância de julgamento no Estado, foi instalado em 1º de outubro de 1891, poucos meses depois de promulgada a Constituição estadual. Com a criação do Tribunal foram estabelecidos os fundamentos da estrutura do Judiciário catarinense e nomeados os primeiros cinco desembargadores para compor o Superior Tribunal de Santa Catarina e os juízes de direito que assumiriam as catorze comarcas catarinenses, além dos demais servidores da Justiça.
Com a criação desse Tribunal cessou a jurisdição do Tribunal da Relação de Porto Alegre sobre o território catarinense.
A Corte de Justiça no Estado de Santa Catarina ao longo de sua trajetória recebeu diversas nomeações, ditadas pelas Constituições estaduais: de 1891 a 1892 – Superior Tribunal de Justiça; de 1892 a 1894 – Tribunal da Relação; de 1894 a 1934 – Superior Tribunal de Justiça; de 1934 a 1937 – Corte de Apelação; de 1937 a 1946 – Tribunal de Apelação; e de 1946 até os dias atuais – Tribunal de Justiça.